Από το φόβο των πειρατικών επιδρομών ο Εμπορειός όπως και οι άλλοι παραθαλάσσιοι οικισμοί της Χίου εγκαταλείφτηκαν και οι κάτοικοι κλείστηκαν σε χωριά κάστρα, τα Μεσαιωνικά καστροχώρια της Νότιας Χίου. Οι βίγλες (παρατηρητήρια), σε ψηλά σημεία κατά μήκος των ακτών που συνδέονταν οπτικά μεταξύ τους εντάχτηκαν στην οχυρωματική άμυνα του νησιού, που οργανώθηκε για την αντιμετώπισή τους.

Ο βιγλάτορας, αν εμφανιζόταν πειρατές στη θάλασσα, με  φρυκτωρία  (σήμα  με άναμμα φωτιάς) μετέδιδε το μήνυμα και λαμβάνονταν τα κατάλληλα μέτρα. Με την ιστορία αυτών των χρόνων συνδέεται και το Κλεφτολίμανο, ένας μικρός κρυμμένος ορμίσκος, αριστερά της εξόδου από τον κόλπο του Εμπορειού, με στενό πλαϊνό άνοιγμα, δυσδιάκριτο για όσους δεν το γνωρίζουν. Σ’ αυτό κατά την παράδοση κατέφευγαν οι πειρατές, για να είναι αόρατοι και να εξορμούν αιφνιδιαστικά. Εκεί κρύβονταν και τα αμυντικά καράβια, όταν τους κυνηγούσαν ή ήθελαν να επιτεθούν σε περίπτωση που πειρατικά έμπαιναν στο λιμάνι.